Le acque dell’Arcipelago toscano rappresentano il più grande Parco marino d’Europa. I suoi fondali sono caratterizzati da una ampia varietà di habitat. La grande diversità biologica dell’Arcipelago è dovuta, anche, alla diversità delle coste e dei fondali: dalle coste calcaree di Giannutri a sud alle falesie granitiche del Giglio e di Montecristo alle rocce vulcaniche di Capraia, passando per la diversità delle spiagge dell’Elba per arrivare a nord di nuovo alle rocce calcare di Gorgona, una miriade di specie vegetali ed animali trovano il fondale più adatto per insediarsi. Nella zona di marea, saldamente ancorate alle rocce, le patelle si contendono lo spazio con i denti di cane, mentre al limite della bassa marea, vive il pomodoro di mare, indicatore biologico di acque non inquinate.

Nella prima fascia sommersa le rocce sono ricoperte da numerose alghe, tra cui il pennello da barba di Nettuno "Penicillus capitatus" esclusivo dell'Arcipelago, nonchè dagli inconfondibili ombrellini dell'alga verde unicellulare "Acetabularia acetabulum" e dai ventagli di “Padina pavonica”. Qui vivono i ricci "Paracentrotus lividus" e la stella di mare “Echinaster sepositus”, molluschi come il polpo “Octopus vulgaris” e le orecchie di mare “Haliotis lamellosa” insieme a variopinti anellidi come lo spirografo “Sabella spallanzani”.

In prossimità delle rocce, dove cormorani “Phalacrocorax carbo” e marangoni dal ciuffo “P. aristotelis” asciugano al sole le ali dopo la pesca, nuotando lievemente sul pelo dell’acqua o a pochi metri in immersione, si possono vedere moltissime specie di pesci, tra cui la donzella comune “Coris julis”” e pavonina “Thalassoma pavo”, il sarago fasciato “Diplodus vulgaris”, la castagnola “Chromis chromis”, lo sciarrano “Serranus scriba”, la triglia di scoglio “Mullus surmuletus”.

I fondali sabbiosi sono ricoperti da autentiche foreste sommerse, le praterie di “Posidonia oceanica”, vero polmone verde dell’ecosistema marino del Mediterraneo. Tra i suoi ciuffi nastriformi vivono, si nutrono e mimetizzano moltissime specie di pesci, tra cui salpe “Sarpa salpa” e boghe “Boops boops”. Sui fondali sabbiosi possiamo incontrare anche il grande bivalve "Pinna nobilis", la cui presenza è in netta ripresa nel Parco e il sempre più raro cavalluccio marino “Hippocampus guttulatus”.Esperienza indimenticabile è quella di immergersi tra le incredibili tavolozze di colori giallo, azzurro e rosso di una tra le più minacciate biocenosi marine: il coralligeno, rappresentato nel Parco anche dall’ormai raro corallo rosso “Corallium rubrum” .

E’ qui, dove si concentra la maggior parte della vita sottomarina, che possiamo ammirare pareti coperte dalle alghe e dalle spugne più colorate e dai bellissimi ventagli delle gorgonie “Eunicella cavolinii”, “E. singularis”,“Paramuricea clavata” . Nelle fessure e nelle tane fanno capolino l’aragosta “Palinurus elephas”, la “Muraena helena”, la magnosa “Scyllarides latus” o la cernia bruna “Epinephelus marginatus”. Con un po’ di pazienza si potranno ammirare, liberi nel loro ambiente naturale, anche dentici “Dentex dentex”, orate “Sparus auratus” e spigole “Dicentrarchus labrax”.

L’Arcipelago toscano ha mari di straordinaria bellezza dove vivono, seppur più difficilmente avvistabili, pesci spada “Xiphias gladius””, tonni “Thunnus thynnus”,palamite “Sarda sarda”, leccie “Lichia amia”, pesci luna “Mola mola”. E poi gli inconfondibili cetacei: delfini “Delphinus delphis”, tursiopi “Tursiops truncatus” e stenelle “Stenella coeruleoalba” accompagnano spesso i velisti solitari per i mari più puliti. Non mancano le sorprese, la balenottera “Balaenoptera physalus” e il capodoglio “Physeter macrocephalus” frequentano le acque del Parco tutto l’anno, anche se gli avvistamenti sono più facili nelle stagioni intermedie: un buon motivo per visitare l’Arcipelago in primavera ed autunno.

Un Parco che è, dunque, un patrimonio naturale di straordinario valore culturale e scientifico, anche se la presenza delle attività umane ha modificato la qualità degli ambienti naturali. Le spiagge non sono più disponibili per la riproduzione della tartaruga marina “Caretta caretta” che però è stata avvistata all’isola di Pianosa, mentre la foca monaca “Monachus monachus”,ormai rarissima nei mari italiani, sembra ancora frequentare gli anfratti più recessi dell’isola di Montecristo, l’ultimo avvistamento di una coppia in fase di corteggiamento risale al 2009 all’Isola del Giglio