I fattori principali che influenzano la vegetazione e la flora dell’Arcipelago toscano sono il clima mediterraneo (caratterizzato da una elevata aridità estiva, a cui si associano l’alta insolazione ed i frequenti venti marini), l’insularità, le antiche interconnesioni con la penisola italiana e con il sistema sardo-corso, nonché i secolari fenomeni di antropizzazione. Dominano le piante sempreverdi, che possiedono foglie coriacee, protette da un’epidermide robusta e scarsamente permeabile; oppure piante con foglie ridottissime, talora trasformate in spine, o del tutto mancanti, come nel caso delle ginestre. Delle grandi foreste di leccio che un tempo ricoprivano le isole dell’Arcipelago oggi sopravvivono solo pochi boschi cedui all’Elba, al Giglio e a Gorgona, mentre singoli esemplari sono presenti a Giannutri, Capraia e Montecristo.

L’attuale assetto della vegetazione del Parco, pienamente inserito nel contesto mediterraneo, è il risultato della contemporanea azione plurisecolare dell’uomo e di fattori naturali. Gli interventi antropici che hanno influenzato le naturali dinamiche vegetazionali sono state l’attività agricola, estrattiva, di pastorizia e gli incendi. In epoca recente i condizionamenti antropici derivano dai rimboschimenti, compiuti soprattutto con conifere (pinete), e dall’intensa urbanizzazione e uso turistico della fascia costiera. Nel complesso l’intero paesaggio vegetale è un mosaico che si trasforma nel tempo e nello spazio, costituito da ambienti molto eterogenei e differenziati fra loro, per cui sono molto ricchi di biodiversità vegetale.

La lecceta è una foresta sempreverde dominata dal leccio (Quercus ilex), e occupa i pendii settentrionali e i valloni più umidi dove il leccio è associato al castagno o all’ontano nero. Le formazioni più diffuse sono quelle costituite dagli arbusti, che rappresentano l’elemento caratteristico del paesaggio vegetale odierno. Si tratta di una vegetazione densa, impenetrabile, caratterizzata da arbusti spesso spinosi con foglie sempreverdi, coriacee. La macchia a dominanza di erica (Erica arborea) e corbezzolo (Arbutus unedo), molto diffusa, presenta spesso buone potenzialità per un’evoluzione verso le formazioni forestali.

La macchia a ginestre, lentisco e alaterno (Calicotome villosa, Spartium junceum, Pistacia lentiscus e Rhamnus alaternus) è diffusa soprattutto nelle aree abbondonate dall’agricoltura. Dopo ripetuti incendi, la macchia assume una fisionomia più rada (gariga), dominata dal lentisco, dai cisti (Cistus monspeliensis) e dall’elicriso (Helicrysum italicum). Le garighe sono caratterizzate da radure più o meno ampie dove in pochi metri quadrati vive una grande quantità di specie erbacee che costituiscono i pratelli terofitici mediterranei. Si tratta in massima parte di piccole piante annuali tra cui molti trifogli e graminacee che seccano completamente durante la stagione estiva e la superano in forma di seme. Oltre alle piante annue, questi habitat sono straordinariamente ricchi di orchidee e altre specie erbacee perenni generalmente provviste di organi sotterranei come gli agli (Allium spp.), le romulee (Romulea columnae, R. bulbocodium), il latte di gallina (Ornithogalum spp.) e la gagea di granatelli (Gagea granatellii). I pratelli rappresentano un habitat di interesse conservazionistico a livello prioritario, in quanto inserito nella Direttiva “Habitat” 92/43 CEE.

La complessità orografica ed altitudinale dell’isola d’Elba ha favorito la conservazione di boschi di castagno “Castanea sativa”; nelle valli più fresche vegeta l’ormai rara felce “Osmunda regalis”; sui rilievi ed in particolare sul M. Capanne è significativa la presenza del tasso “Taxus baccata” e del carpino nero “Ostrya carpinifolia”. A Capraia, come all’Elba, si segnala la presenza della sughera “Quercus suber” e della roverella “Q. pubescens”, mentre a Gorgona e all’Elba vegetano estese pinete di pino d’Aleppo “Pinus halepensis”, pino domestico “P. pinea” e pino marittimo “P. pinaster”. Oggi la formazione vegetale più diffusa nel Parco è la profumatissima macchia mediterranea, un tipo di vegetazione arbustiva di 2-5 m di altezza, nella quale dominano il corbezzolo “Arbutus unedo”, l’alaterno “Rhamnus alaternus”, il lentisco “Pistacia lentiscus”, il ginepro fenicio “Juniperus phoenicea”, il mirto “Myrtus communis”, le eriche “Erica arborea” ed ”E. scoparia”, il rosmarino “Rosmarinus officinalis”, le filliree “Phyllirea angustifolia” e “P. latifolia”; nelle radure e negli spazi aperti sono frequenti la lavanda “Lavandula stoechas”, l’elicriso “Helichrysum italicum” ed i coloratissimi cisti “Cistus incanus”, “C. salvifolius” e “C. monspeliensis”; sui pendii particolarmente assolati predomionano le splendide ginestre “Calycotome spinosa”e “Spartium junceum”.

L’isolamento geografico ha favorito la presenza di numerosi endemismi. Sono endemici dell’Elba il fiordaliso di monte Capanne “Centaurea ilvensis”, la “Centaurea aetaliae”, la “Viola corsica ilvensis” ed il limonio “Limonium ilvae”; sono endemici di Capraia il fiordaliso “Centaurea gymnocarpa” e l’orchidea gialla “Orchis provincialis capraria”; mentre la bocca di leone “Linaria capraria” è esclusiva dell’Arcipelago. All’Elba sono presenti microambienti ormai rari nelle altre isole dell’Arcipelago: troviamo specie tipiche di orizzonti montani, come il giglio di S. Giovanni “Lilium bulbiferum croceum” o sub-mediterranei come la ginestra “Genista desoleana Valsecchi”. Spettacolari sono le fioriture di ranuncolo acquatico “Ranunculus aquatilis” allo Stagnone di Capraia, unico lago naturale di tutto il Parco, sulle cui rive crescono anche il giunco “Juncus articulatus” e la menta romana “Mentha pulegium”. In tutto l’Arcipelago vegetano moltissime specie di orchidee selvatiche che ammantano prati e boschi di fiori dalla delicata bellezza.