Il museo nacque nel 1967 come semplice raccolta di reperti provenienti dagli insediamenti protostorici del Monte Capanne.
Con decreto ministeriale del 23 novembre 1971 è stato classificato come "museo minore". Successivamente l'Antiquarium fu accresciuto con importanti collezioni archeologiche di materiali paleolitici, neolitici e dell'Età del Bronzo (Monte Giove, Masso dell'Aquila, Serraventosa), etruschi (Monte Castello), romani (Chiessi e Procchio), medievali (Pedemonte e Montemarsale) e del XVII secolo (Procchio).
Degne di nota sono quattro asce di bronzo villanoviane provenienti da un cosiddetto "ripostiglio" della Valle Gneccarina di Chiessi, rinvenuto intorno al 1930 durante la realizzazione di una carbonaia; interessante la collezione di anfore vinarie, olearie o da garum (salsa utilizzata come condimento dai popoli antichi) provenienti dal relitto di Chiessi, insieme ai materiali rinvenuti all'interno del relitto di Procchio risalente alla fine del II secolo.