Nella Legge quadro sulle aree naturali protette, n. 394/91,  il Legislatore prevede che per la gestione dei Parchi nazionali, debbano essere individuati  quali strumenti di governo gli Enti Parco, istituiti con appositi decreti presidenziali, inseriti nel comparto degli enti pubblici non-economici di cui alla legge n. 70/75 (il cui funzionamento è disciplinato dal D.P.R. n. 696/79).

Il Parco Nazionale Arcipelago Toscano  viene istituito con:

Decreto del Presidente della Repubblica 22 luglio 1996 – Istituzione dell’Ente Parco nazionale dell’Arcipelago Toscano

Decreto Ministeriale 19 dicembre 1997 – Individuazione di un’area di interesse naturalistico e apposizione di misure di salvaguardia per una fascia di mare intorno l’isola di Pianosa. (G.U. Serie Generale 2 gennaio 1998, n. 1)