L'identificazione e il monitoraggio delle specie aliene animali sulle isole non è di facile esecuzione specialmente per gli animali più piccoli e difficili da osservare. Da un censimento effettuato nell'ambito del Progetto Corem risultano introdotte nell'Arcipelago Toscano 18 specie di invertebrati (11 insetti e 7 molluschi terrestri) e 18 di vertebrati (3 rettili, 4 uccelli, 11 mammiferi). Tra gli insetti la farfalla Licenide dei gerani (Cacyraeus marshalli) ed il coleottero Curculionide Tarlo dell'Eucalipto (Gonipterus sp.). Tra i molluschi terrestri Marmorana muralis e Paralaoma servilis. Gli uccelli introdotti nell'Arcipelago Toscano sono invece il Fagiano comune (Phasianus colchicus), la Coturnice orientale (Alectoris chukar), il Parrocchetto dal collare (Psittacula krameri) e la Pernice rossa (Alectoris rufa). Tra i mammiferi il Riccio europeo (Erinaceus europaeus), il Coniglio selvatico (Oryctolagus cuniculus), la Lepre europea (Lepus europaeus), il Ratto delle chiaviche (Rattus norvegicus), il Ratto nero (Rattus rattus, il Topolino domestico (Mus musculus), l'Istrice (Hystrix cristata) di cui però non è certa la presenza, il cinghiale (Sus scrofa), il Muflone (Ovis aries), la capra di Montecristo (Capra hircus), gatto domestico rinselvatichito (Felis catus). Il Parco Nazionale è intervenuto riducendo o eliminando alcune di queste specie. In particolare il Ratto nero è stato eliminato totalmente nel 2007 dall'Isola di Giannutri e nel 2012 dall'Isola di Montecristo. Si tratta di due interventi particolarmente impegnativi di cui hanno tratto a breve termine notevole beneficio alcune specie di uccelli marini di interesse conservazionistico, con un netto miglioramento del successo riproduttivo in particolare per la Berta minore (Puffinus yelkouan). Importanti interventi di riduzione del Ratto nero sono stati realizzati anche a Pianosa dove si è intervenuti anche per la riduzione delle popolazioni della Pernice rossa ibridata con la Coturnice orientale, del Fagiano comune (Phasianus colchicus) e del Riccio (erinaceus europaeus). Il Parco Nazionale è poi impegnato fin dalla sua istituzione nel tentativo di ridurre le popolazioni di ungulati (cinghiali e mufloni) dell'Isola d'Elba che causano gravi danni alle colture agricole e agli ecosistemi. Discorso a parte merita la Capra di Montecristo che pur essendo stata introdotta dall'uomo ha un'interesse conservazionistico in quanto l'introduzione è avvenuta in epoca storica, circa 7.000 anni fa, ed è considerata l'unica popolazione italiana di Capra che vive allo stato selvatico.
