I fattori principali che influenzano la vegetazione dell’Arcipelago toscano, sono il clima mediterraneo (caratterizzato da una elevata aridità estiva, a cui si associano l’alta insolazione ed i frequenti venti marini e una pioggia annua tra i 300 e i 1000 mm) e, come anche per il popolamento animale, l’insularità. Ha influito anche il collegamento in epoche remote con la penisola italiana e con il sistema sardo-corso, nonché i millenari fenomeni di antropizzazione. L'uomo è infatti intervenuto sulla vegetazione fin dall'epoca preistorica con coltivazioni, pastorizia, tagli sistematici, incendi e più recentemente introduzione di piante esotiche. Per questo motivo la vegetazione mediterranea si trova nelle isole toscane in tutti i suoi vari gradi di evoluzione o degrado. Si va dalle foreste sempreverdi a dominanza di Leccio, alla macchia alta, alla macchia bassa, alla gariga, alla steppa a graminacee fino al nudo suolo. Dominano le piante sempreverdi, che possiedono foglie coriacee, protette da un’epidermide robusta e scarsamente permeabile; oppure piante con foglie ridottissime, talora trasformate in spine, o del tutto mancanti, come nel caso delle ginestre. Delle grandi foreste di leccio che un tempo ricoprivano le isole dell’Arcipelago oggi sopravvivono solo pochi boschi cedui all’Elba, al Giglio e a Gorgona, mentre singoli esemplari sono presenti a Giannutri, Capraia e Montecristo. Per quanto riguarda gli alberi un discorso a parte meritano i boschi di conifere, le pinete. Esse sono il risultato di un’intensa opera di rimboschimento effettuata soprattutto all'Isola d'Elba, a partire dagli anni ’30 e protrattasi fino al 1978 a opera dei “Cantieri Scuola” e della “Cassa per il Mezzogiorno”. L’introduzione di conifere nel territorio è stata effettuata principalmente per due motivi: recuperare alcune aree degradate, attraverso l’introduzione di specie frugali che fossero capaci di creare le condizioni ecologiche per la colonizzazione da parte di specie autoctone, costituire dei popolamenti artificiali facilmente gestibili e utilizzabili che potessero fornire materiale legnoso da commercializzare. Attualmente oltre ai tre pini mediterranei (Pino marittimo, Pino d'Aleppo, Pino domestico), la spontaneità dei quali è comunque dubbia e da considerare ipotetica solo per il marittimo ed, eventualmente per il pino d’Aleppo, sono presenti altri pini sicuramente esotici, soprattutto P. canariensis e P. radiata e la loro attuale diffusione risale ai rimboschimenti del XX secolo. Gran parte degli impianti sono stati percorsi da incendi (alcuni anche più volte), in seguito ai quali i pini (il pino marittimo nelle aree più fresche, il pino d’Aleppo in quelle più calde e aride) hanno spesso ricostituito spontaneamente la copertura e si sono diffusi nella vegetazione circostante. La diffusione del pino marittimo è concentrata nella fascia altimetrica superiore a quella del pino domestico, sia in purezza che misto ad altre conifere o a latifoglie come il leccio, il carpino e il castagno. La superficie occupata dai rimboschimenti di conifere assomma a circa 432 ha: di questi circa 68 ha sono costituiti dapinete con copertura discontinua e sottobosco ad ericaee. Queste specie hanno svolto (e in parte svolgono ancora) la funzione protettiva e, parzialmente, produttiva per cui sono state introdotte, assumendo progressivamente anche un ruolo paesaggistico ambientale talvolta rilevante. La loro diffusione è comunque destinata a ridursi nel tempo a favore delle latifoglie autoctone, per un processo di rinaturalizzazione già in atto. Peraltro la funzione strettamente economica dell’introduzione delle conifere è venuta a mancare per il cambiamento delle congiunture socio-economiche avvenute nel tempo. Il Parco è intervenuto fin dal 2004 con un Progetto finanziato dalla Comunità Europea sulle aree costiere dell'Isola di Pianosa a Pianosa mediante il taglio di Pini d'Aleppo che minacciavano l'Habitat di interesse comunitario “Formazioni di Ginepro”. Nel complesso l’intero paesaggio vegetale dell'Arcipelago Toscano è un mosaico che si trasforma nel tempo e nello spazio, costituito da ambienti molto eterogenei e differenziati fra loro, per cui sono molto ricchi di biodiversità vegetale. La lecceta è una foresta sempreverde dominata dal Leccio, e occupa i pendii settentrionali e i valloni più umidi dove il leccio è associato al castagno o all’ontano nero. La complessità orografica ed altitudinale dell’isola d’Elba ha favorito la conservazione di boschi di castagno; nelle valli più fresche vegeta l’ormai rara felce “Osmunda regalis”; sui rilievi ed in particolare sul Monte Capanne è significativa la presenza del tasso “Taxus baccata” e del carpino nero. A Capraia, come all’Elba, si segnala la presenza della sughera e della roverella, mentre a Gorgona vegetano estese pinete di pino d’Aleppo, pino domestico e pino marittimo. In totale si stima che siano presenti nell'Arcipelago Toscano circa 1500 specie vegetali alcune delle quali endemiche, si trovano cioè solamente in queste isole.