Nell’Arcipelago Toscano la fauna rettile, come quella anfibia, non risulta particolarmente ricca. Sono infatti presenti solamente 12 delle 21 specie di rettili conosciute per la Toscana. Tuttavia rispetto agli Anfibi, presenti solamente con l’ordine degli anuri, i rettili sono un poco più diversificati con una testuggine (ordine testudinati), 7 lucertole (sottordine Sauri) e 4 serpenti (sottordine ofidi). Fanno parte dell’ordine dei testudinati anche le 3 specie di tartarughe marine presenti nelle acque dell’Arcipelago Toscano: dalle più rare Tartaruga Verde e Tartaruga Liuto alla più diffusa Tartaruga Caretta. Quest’ultima è stata protagonista di due eccezionali eventi di nidificazione all’Isola d’Elba nel 2017 e nel 2018 da cui sono nati e dispersi in mare ben 165 piccoli. Per quanto riguarda i rettili terrestri l’Elba, con tutte le 12 specie presenti nell'Arcipelago Toscano, risulta la più ricca. La più povera è invece Gorgona, che è anche la più piccola isola dell'Arcipelago Toscano, dove è stata rilevata la presenza di 4 specie. Tale numero ridotto è probabilmente correlato alla superficie limitata che comporta una ridotta quantità di risorse disponibili ed un conseguente maggiore tasso di estinzione. Tra i rettili, particolarmente interessanti sono due specie comuni nella penisola italiana e in alcune isole dell’Arcipelago Toscano: la Lucertola muraiola (Podarcis muralis), presente all’Elba, Pianosa e Gorgona e la Lucertola campestre (Podarcis sicula) che vive all’Elba, Giglio, Giannutri, Montecristo e Capraia. Le due specie presentano una grande variabilità della colorazione e per questo sono state descritte diverse razze e sottospecie a volte presenti solamente su un isolotto. Tra i serpenti l’unico presente su tutte le 7 isole è il Biacco Maggiore. Altre specie come il Colubro Liscio o la Natrice dal Collare sono presenti solamente all’Isola d’Elba. Interessante la presenza di due sottospecie della Vipera aspis. Il Parco Nazionale effettua periodici monitoraggi delle popolazioni dei rettili delle diverse isole ed ha realizzato la pubblicazione “Anfibi e rettili dell’Arcipelago Toscano”.