Il popolamento animale dell'Arcipelago Toscano dipende da vari fattori tra cui le caratteristiche geografiche della singola isola quali dimensione, morfologia, presenza di corsi d'acqua, distanza dalla costa toscana o da Sardegna e Corsica. Anche la storia geologica ha influenzato la distribuzione della fauna. In occasione delle glaciazioni e del conseguente abbassamento del livello marino, si sono infatti creati dei collegamenti tra alcune isole e la costa Toscana. Questi ponti continentali sono stati utilizzati da alcune specie animali per colonizzare in epoche remote le isole. La varietà geologica è inoltre fondamentale per lo sviluppo di un determinato habitat adatto a particolari specie animali. Per le specie che possono attraversare i bracci di mare che separano le isole da Corsica, Sardegna e costa toscana, come ad esempio le farfalle, il popolamento animale dell'Arcipelago è condizionato anche dalla ricchezza della fauna delle aree vicine. Un altro fattore da tenere presente è il grado di antropizzazione. In alcune isole infatti l'uomo ha introdotto nuove specie animali, come nel caso degli ungulati (muflone e cinghiale) all'isola d'Elba, causa ancora oggi di ingenti danni agli ecosistemi e di conseguenza alla fauna originaria. Tra le specie più interessanti dal punto di vista naturalistico che frequentano l'Arcipelago Toscano vi sono gli uccelli marini, in particolar modo il raro Gabbiano corso, che appare anche nel simbolo del Parco, le cui colonie di nidificazione vengono continuamente monitorate. Importante anche il ruolo delle isole toscane per molte specie di uccelli migratori che trovano nell'Arcipelago Toscano un importante punto di sosta. Di seguito vengono trattati alcuni gruppi animali così come sono suddivisi nella collana “I quaderni del Parco”, tralasciando le regole della tassonomia, la complessa disciplina che si occupa della classificazione gerarchica degli organismi viventi, materia dibattuta anche tra gli studiosi. Per la maggior parte dei gruppi animali vengono riportate le schede descrittive di 4 specie.